施工单位增值税扣减的问题

各位老师，你们好！我最近遇见一个情况，就是一个市政工程，施工期间为2017年11月至2018年5月，现在进入工程结算审计阶段，工程送审造价500万元，送审造价书和投标文件上增值税税率均为11%，经过对量后出具审核意见征求稿，审核结果为455万元，因2019年4月后税率调整为9%后，我公司请施工单位提供已支付工程款发票，发票总金额显示为300万元，但税金是3%，施工单位解释说，之前他们公司为小规模纳税人，该工程送审和我公司审核的结算稿上显示的税金均为11%，而施工单位开具的发票为3%，请问各位老师300万元3%的税金是否需要扣减？剩余的工程款税金如何处理？谢谢各位老师。