关于2013清单计价规范中的9.6.2条综合单价调整

1、该项目属于政府投资建设项目（学校），由一个投资平台公司作为业主（查了一下，应该不是国企）；

2、合同中约定，变更工程量超过15%，按13清单9.6.2条执行，但没有约定综合单价具体调整多少，审计单位审核时，向业主单位发函，要求明确该条款的执行原则；

3、业主单位回复，因为约定不明确，工程量变更超过15%的综合单价不调整。（应该是和施工单位协商一致后的结果）

问：

1、由审计发函是否合适，是否发出疑问就可以（发函是否过于正式，对审计单位是否存在弊端）？

2、业主单位的回复，审计单位能否采纳（对于政府投资项目，这样的回复是否合理）？

3、若不能采纳，该问题应怎样处理？