EPC项目结算项目，那些部分应当进行扣除，那些不应当扣除？

项目为EPC合同项目，根据初设图定价，签订补充协议EPC固定总价，项目有技术规格书，结算阶段，问题1：初设图与施工图与现场不符是否扣除，不符内容为：原初设梁为截面尺寸400*600，施工图与现场为截面尺寸500*500，长度及其他与初设一致，是否属于变更及改变初设文件，问题2：初设原设计建面为100m2，4间功能用房，现施工图与现场，实际建面100m2，仅3间功能用房，结算是否扣除墙面装饰工程量，砌体墙，门窗等，调整合同价？问题3：原初设图纸未设计钢筋，定价阶段，钢筋采用指标定价，施工单位中标后，施工图深化，配置钢筋，结算钢筋部分怎么判断是否改变技术规格书及初步设计文件，结算是否应当扣除定价阶段与施工图的钢筋工程量差？求解？