甲方编制的工程量清单项目重复，施工单位如何把这笔钱要回？

工程量清单是甲方编制的，当时中标是最低标中标。由于如分部分项工程名称“走道等公共部分内墙面刷乳胶漆一般抹灰”中的项目特征描述为： 1.墙体类型:砼(砖墙） 2.底层厚度、砂浆配合比:9厚1：1：4水泥石灰砂浆打底扫毛，9厚1：0.5：2.2水泥石灰砂浆垫层 3 .面层厚度、砂浆配合比:5厚1：3水泥砂浆罩面压光 4.护角:阳角部分距地2米以下1:2水泥砂浆护角 5.装饰面材料种类:乳胶漆； 而后面又出现分部分项工程“走道等公共部分内墙面刷乳胶漆”，项目特征为： 1.腻子种类:防水腻子 2.刮腻子要求:满足规范要求 3.油漆品种、刷漆遍数:乳胶漆一底两面； 结算时，咨询单位认为乳胶漆在前面的抹灰特征中已描述，后面的“走道等公共部分内墙面刷乳胶漆”子目应扣除，不再计取； 请问：我方作为施工单位应该怎么样或拿什么依据向甲方要回这笔款，即不扣除后面的“走道等公共部分内墙面刷乳胶漆”，两项都保留进入结算？

问题补充：我现在是问题不是问：甲方扣除其中一项有没有道理；而是问我方作为施工单位，应如何向甲方主张权利，拿何依据向甲方要回这笔钱。